Dans un contexte où l’agriculture de précision devient un levier majeur pour optimiser les rendements et faire face à des contraintes climatiques et phytosanitaires croissantes, une étude récente publiée dans Plant Phenomics met en lumière le rôle du phénotypage végétal haut débit (HTP) pour identifier rapidement des stress biotiques et abiotiques chez la tomate (Solanum lycopersicum).

L’objectif principal des chercheurs était de déterminer si un système de phénotypage basé sur des images RGB (couleurs rouge-vert-bleu) pouvait distinguer de manière fiable différents stress auxquels sont confrontées les plantes et, surtout, différencier des génotypes résistants de ceux sensibles à ces stress. Cette approche repose sur l’analyse automatisée d’indicateurs morphométriques (relatifs à la forme et la taille des plantes) et colorimétriques (indices liés à la couleur des feuilles ou des organes), générés à partir de captures visuelles.

Les chercheurs ont soumis plusieurs génotypes de tomate à des conditions de sécheresse (stress abiotique) ainsi qu’à des agents pathogènes tels que le virus de la mosaïque tachetée de la tomate (TSWV), l’agent de la pourriture des racines (Pseudopyrenochaeta lycopersici) et le nématode à galles (Meloidogyne incognita) (stress biotiques). L’analyse des données a montré que certaines variables dérivées des images, notamment des indices de sénescence ou de surface verte, permettent de séparer avec clarté les plantes soumises à des stress biotiques de celles affectées par la sécheresse ou d’autres stress environnementaux.

Un des résultats clés de cette recherche est la confirmation que le phénotypage haut débit basé sur des images simples peut constituer un outil fiable et rapide pour diagnostiquer l’état physiologique des plantes, bien au-delà de la simple observation visuelle. Par exemple, la morphologie de la plante (hauteur, surface projetée de la partie aérienne) s’est avérée très informative pour détecter des signes de stress indépendamment de leur nature. De plus, ce système a permis de différencier nettement des génotypes résistants au virus TSWV des génotypes sensibles, ce qui est un atout pour les programmes d’amélioration variétale et le conseil technique.

Les défis restent toutefois plus importants pour certaines maladies du sol où les symptômes visuels sont moins marqués, comme la pourriture des racines ou les attaques de nématodes. Dans ces cas, l’étude note que les indices HTP doivent être interprétés avec prudence et potentiellement complétés par d’autres sources de données pour une détection fine.

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Pour les filières horticoles et les systèmes de culture maraîchère au Maroc, où la tomate occupe une place importante tant pour le marché intérieur que pour l’export, ces technologies de phénotypage offrent une opportunité d’améliorer la surveillance des cultures et la sélection variétale, notamment face à la pression croissante des stress abiotiques liés au climat et des agents pathogènes.

Source complète de l’étude : Maria Isabella Prigigallo et al., « High-throughput plant phenotyping identifies and discriminates biotic and abiotic stresses in tomato » , Plant Phenomics, Volume 7, Issue 4, 2025, 100124

Source de l’article : AgriMaroc.ma